Geográficamente, el Ebro nace en Fontibre (Cantabria) término municipal de Hermandad de Campoo de Suso, con una altura sobre el nivel del mar de 880 metros.
Sin embargo, estudios realizados (por el año 1987) llevados a cabo por el Instituto Geológico y Minero de España, a través de pruebas hechas con fluoresceína, dan evidencia de que el manantial de Fontibre procede de las aguas del río Híjar.
Tras un recorrido por el que se alimenta de varios afluentes, parte de sus aguas se filtran en el subsuelo en las inmediaciones de Paracuelles; y el estudio demostró qué, el agua del Híjar tintada con fluoresceína, al cabo de 32 horas, y tras haber recorrido unos 800 metros, aparecía por Fontibre. No obstante el caudal que surge de Fontibre es mayor al que en teoría se filtra procedente del Híjar, lo que también evidencia que éste es alimentado por otras aguas manantiales en el subsuelo.
El río Ebro desde su nacimiento es un río de poco caudal. Éste se incrementa gracias a los distintos afluentes que lo alimentan, y es en la provincia de Navarra cuando su caudal comienza a ser importante gracias a la aportación de aguas de los ríos Ega, Arga y Aragón.
Es a partir de entonces, y a medida que recoge aguas de otros afluentes, cuando el Ebro ya se considera como el río más caudaloso de España. Recorre aproximadamente 930 kilómetros hasta su desembocadura en el mar Mediterráneo, por Tarragona, donde se forma un Delta entre los términos municipales de Deltebre y San Jaime de Enveija.